Missing-nin, jap. 抜け忍, Nukenin? to określenie tych shinobi, którzy opuścili swoją wioskę. Jeżeli nie zdradzili oni jej w inny sposób, to za akt zdrady uważane jest samo jej opuszczenie. Znaną organizacją skupiających najniebezpieczniejszych missing-ninów różnych wiosek (często klasy S) jest Akatsuki.

Najczęściej są to brutalni, skrzywieni psychicznie wojownicy, którzy źle czuli się w uporządkowanych społecznie osadach. Pozostawanie missing-ninów poza wioską jest dla niej niebezpieczne, ponieważ mogą oni stanowić dla niej realne zagrożenie przez zdradzanie jej tajemnic. Również martwi mogą być przydatni wywiadowi obcej wioski, gdyż ich ciała mogą mówić wiele o technikach przez nich używanych.